Сюжет аниме строится вокруг концепции "Трёх тысяч путей небес" — системы, позволяющей практикующим достичь истинного неба. Для овладения одним из этих путей, "Высоким мастерством меча", современный фехтовальщик И Цзяньчуань и его младший брат Чэнь Наньсюань, известный как Бог Злого Меча, отправляются в разные стороны. Их цель — найти и освоить этот путь. В то время как братья ищут путь меча, другие персонажи преследуют собственные цели. Ван Лин решает, каким из небесных
Следователь столичного управления полиции Тотомару Иссики стремится помогать людям, но не обладает достаточной наблюдательностью и сообразительностью для раскрытия преступлений. По совету коллеги он обращается к Рону Камонохаси, который пять лет назад был перспективным студентом академии, но затем ушёл из полиции. Тотомару уговаривает Рона заняться делом серийного убийцы. В ходе работы выясняется причина, по которой Рон отказался от карьеры в полиции - она связана с явлением, не поддающимся
Офисный сотрудник Кэнтаро Момосэ уволился с предыдущей работы из-за конфликта с руководителем. Он испытывает тревогу перед началом трудовой деятельности в новом месте, опасаясь повторения негативного опыта. Стресс вызывает у Момосэ физическое недомогание в виде спазмов желудка. В таком состоянии он знакомится со своим новым начальником Юсэем Сиросаки. При общении с Сиросаки Момосэ замечает, что его физическое состояние улучшается. Коллега отличается рассеянностью и легкомысленным поведением,
События аниме происходят через десять лет после FLCL Alternative. Главными персонажами являются подростки - юноша и девушка, которые учатся в старшей школе. Их повседневная жизнь сталкивается с необычными явлениями, характерными для вселенной FLCL. В центре сюжета лежит взаимодействие этих двух персонажей с окружающим миром, который постепенно начинает выходить за рамки привычной реальности. Развитие истории строится вокруг появления загадочных событий и объектов, нарушающих обыденность