Детектив Конан: На перекрёстках древней столицы

Маскированный самурай совершает убийства пяти человек в разных городах Японии: троих в Токио, одного в Осаке и одного в Киото. Полиция устанавливает, что все жертвы были членами банды Гэндзиботару, специализировавшейся на краже буддийских статуй и артефактов. Члены банды использовали имена слуг Минамото-но Ёсицунэ. Отсутствие явных мотивов и улик заводит расследование в тупик.

Храм в Киото обращается за помощью к Когоро Мори после получения анонимного письма с загадкой. Монахи просят расшифровать послание, чтобы вернуть давно утраченную статую. Детектив Конан Эдогава и старшеклассник Хэйдзи Хаттори объединяют усилия для разгадки шифра и поиска убийцы. Хаттори также ищет свою возлюбленную из детства. Используя знание Киото, Хаттори и Конан исследуют город, постепенно раскрывая правду. Убийца совершает новое нападение на члена банды, предпринимает попытки убить Хаттори и похищает его возлюбленную. Совместная работа по поиску скрытых улик становится единственным способом остановить самурая и спасти девушку.