Дневник будущего: Повторный набор

События разворачиваются после завершения оригинального сериала. Главные герои, известные как хранители дневников, снова появляются в сюжете. Деус, божественное существо, до сих пор не определился с методом выбора нового бога, при этом оставшееся время ограничено. Юно Гасай из третьего мира начинает воспринимать воспоминания Юно из первого мира. Она испытывает ощущение утраты чего-то важного, но не может вспомнить, что или кого именно. Это состояние вызывает у неё значительное беспокойство.

Возникает вопрос о последствиях возможного восстановления памяти. Сюжет рассматривает три варианта развития событий: начало новой игры, наступление конца или достижение благоприятного исхода. Развитие ситуации зависит от того, сможет ли Юно восстановить утраченные воспоминания и как это повлияет на ход событий.