Человечество в будущем вынуждено жить в подземном мире, называемом Лабиринтом. Внутри Лабиринта существуют несколько колоний, каждая из которых отличается суровыми условиями: в одних поддерживается крайне высокая температура, другие содержат залежи золота и серебра. В колонии Пиньинь живёт девятилетняя девочка Мэмэмпу вместе со своим отцом Гагамбой. Они принадлежат к классу «рабочих» — самой низкооплачиваемой категории населения. Их работа заключается в управлении роботом для добычи руды.
Сюжет разворачивается в будущем, где вторжение инопланетных захватчиков привело к гибели девяноста процентов человечества. Выжившие размещены в специальных приютах, где их жизнь находится под полным контролем, а воспоминания о вторжении искусственно стёрты. Основное действие сосредоточено вокруг трёх подростков, проживающих в одном из таких приютов. Эти подростки отобраны для управления тремя роботизированными машинами. При объединении эти машины формируют единого робота по имени Мусаси,
События разворачиваются через несколько лет после истории Getter Robo Go. Земля находится в постапокалиптическом состоянии. Ученый Хаято, достигший преклонного возраста, завершает работу над роботом Getter Robo Arc, который был задуман профессором Саотомэ. Пилотами этой машины становятся Такума — сын Рёмы, Камуи — представитель расы людей-динозавров, и Баку — младший брат Тайеля. К ним присоединяется реформированная Империя Динозавров. Основными противниками выступают насекомоподобные существа
В 2047 году на Землю упал чёрный метеорит, который привёл к появлению монстров, названных D2. Эти существа были практически неуязвимы для обычного оружия. Единственным их слабым местом оказалась музыка, способная причинять им боль. После захвата планеты D2 запретили любые звуки, напоминающие мелодии, что привело к почти полному исчезновению музыки из жизни людей. В ответ на это сформировалось сопротивление — группа девушек-деятелей искусства, известных как Мьюзикарт. В их телах скрыты симфонии,
Человечество ведет войну с инопланетным видом BETA, вторгшимся на Землю в 1973 году. Конфликт длится три десятилетия. Старшеклассник Такэру Сироганэ просыпается от кошмара, в котором видит полное поражение людей. Выясняется, что сон был воспоминаниями из альтернативной реальности, где был реализован проект Alternative V. В рамках этого проекта сотни тысяч человек отправляют в космос для сохранения вида, а оставшиеся миллиарды обречены на гибель. Такэру решает изменить будущее и присоединяется к