Врата Штейна: Зона загрузки дежавю

События фильма происходят через год после завершения сериала. Главный герой Ринтаро Окабэ испытывает психологическое давление из-за прошлых действий, связанных с перемещениями между временными линиями. Он постоянно анализирует свои решения и ошибки, что приводит к постепенной потере контакта с окружающей действительностью. Окабэ зациклен на созданных им альтернативных реальностях и не может прекратить размышления о том, какие шаги привели к нежелательным последствиям.

Курису Макисэ возвращается в Японию после годичного отсутствия. Она испытывает повторяющееся чувство дежавю, которое указывает на реальность существования ее возлюбленного. Это явление становится для нее источником беспокойства и мотивацией к поиску способа вернуть Окабэ. Основной вопрос сюжета заключается в том, сможет ли Макисэ достичь своей цели и не приведет ли это к созданию нового временного парадокса. Ответ раскрывается в полнометражной версии «Врат Штейна».