Некий научный Рейлган S

Микото Мисака является эспером 5-го уровня в Академия-Сити. Она узнает, что ее ДНК, полученное в детстве, использовали для создания клонов. Эти клоны были выращены для эксперимента по созданию эспера 6-го уровня. В ходе эксперимента множество копий, к которым Микото относилась как к сестрам, были уничтожены.

Сюжет второго сезона «Рейлгана» сосредоточен на событиях, связанных с этим экспериментом. Микото и ее подруга Куроко Шираи сталкиваются с последствиями действий, направленных на достижение цели. Развитие истории показывает, как персонажи реагируют на произошедшие события и какие решения принимают в сложившихся обстоятельствах.