Аркадия моей юности: Бесконечный путь SSX

События разворачиваются после завершения фильма «Аркадия моей юности». Война с империей Иллюмидус, которая порабощает и уничтожает обитаемые планеты, закончилась поражением землян. Территория Земли полностью перешла под контроль инопланетных захватчиков. Капитан Харлок и его соратники были объявлены врагами человечества и изгнаны с планеты. Иллюмидус не остановились на этом — Харлок, Тотиро и Эмеральда получили кодовые номера S-00999, S-00998 и X-00001 соответственно и были объявлены в розыск.

Преследование бывших защитников Земли ведется не только силами империи, но и множеством людей, желающих получить вознаграждение за их поимку. Несмотря на то, что теперь им приходится сражаться с превосходящими силами противника и охотниками за головами, Харлок и его команда продолжают свой путь. Они остаются единственной силой, способной противостоять Иллюмидус, и не прекращают попыток сопротивления даже в безнадежной ситуации.