Федеральный агент Леон С. Кеннеди присоединяется к группе, приглашенной в Белый дом для расследования случая неправомерного доступа к секретным президентским файлам, обнаруженного в 2006 году. Во время работы внезапно гаснет свет, после чего Леон и команда спецназа сталкиваются с нападением группы таинственных существ, напоминающих зомби. Сотрудница организации «ТерраСэйв» Клэр Редфилд находит рисунок, созданный молодым человеком в стране, которую она посетила с гуманитарной миссией.

Сюжет разворачивается через несколько тысяч лет в будущем. Существует город под названием «Эдем 3», населённый исключительно роботами. Их создатели, люди, исчезли задолго до описываемых событий. Два робота, занимающихся сельскохозяйственными работами, во время выполнения рутинного задания случайно находят в анабиозе человеческую девочку. Это открытие вступает в противоречие с установленными в обществе роботов знаниями — люди считались лишь запретным древним мифом. Роботы принимают решение