События аниме разворачиваются через полгода после завершения битвы с Фараоном. Юги Муто и его друзья перешли в третий класс старшей школы и начали задумываться о выборе будущей профессии. Сэто Кайба продолжает попытки вернуть душу Фараона, для чего заново собирает «Головоломку тысячелетия». Однако его планам мешает загадочный человек по имени Аигами. Параллельно Кайба работает над созданием новой системы виртуальных дуэлей, которая способна изменить индустрию «Дуэльных монстров». Основная

Сюжет аниме разворачивается вокруг девушки по имени Кэт, которая обладает способностью управлять гравитацией. Она может менять направление своего падения и летать в любом направлении. Кэт просыпается в городе Хейвен, который парит в воздухе, и не помнит своего прошлого. Она знакомится с загадочным котом по имени Дасти, который помогает ей использовать её силу. Вместе они начинают защищать жителей города от различных угроз, включая монстров и преступников. По мере развития событий Кэт узнаёт

Анжелика отправляет Чис посылку с магическими принадлежностями, в которую вложен подарок. Им оказывается книга, которую Чис читала в детстве. Элиас просит Чис рассказать историю, связанную с этой книгой. Чис рассказывает о Миуре-сан и о таинственной библиотеке, которую она обнаружила в лесу, будучи ребёнком. История, рассказанная Чис, раскрывает события её прошлого. В детстве она нашла в лесу библиотеку, где встретила Миуру-сан. Эта встреча и книга, подаренная Анжеликой, имеют связь с ранними