Группа поп-идолов под названием «АКБ0048» действует в галактике, где после Мировой войны начала 21 века человечество покинуло Землю и расселилось на других планетах. С введением Звездного календаря развлечения и музыка стали подвергаться жесткому контролю, а на некоторых планетах массовые мероприятия были запрещены из-за их способности мотивировать население. «АКБ0048» игнорирует эти ограничения и проводит выступления на запретных территориях, ссылаясь на наследие исторической группы «АКБ48»,

Правительство ввело более строгие ограничения на несанкционированные мероприятия, однако концерты и музыкальные битвы продолжают проводиться. Объявлено о проведении всеобщих выборов среди участниц группы AKB0048. Параллельно с этим сюжетная линия включает раскрытие информации, связанной с командой 00. Внимание уделяется природе кирар — музыкальных частиц света, которыми обладают участницы. Также затрагиваются события, относящиеся к прошлому персонажей. События развиваются вокруг Нагисы и других