Сюжет аниме разворачивается в двух локациях. В Эдо Гинтоки с союзниками противостоит Армии освобождения. В космосе Котаро и Тацума совместно с верными им сторонниками пытаются наладить взаимодействие с Шиджаку и Принцем Хатой. Некоторые персонажи, знакомые зрителю по предыдущим событиям, также принимают участие в конфликте. Действия героев направлены на предотвращение угрозы, которая ставит под вопрос существование целой планеты. Данное произведение представляет собой вторую часть экранизации