События происходят в недалёком будущем, когда большая часть суши оказалась под водой из-за повышения уровня мирового океана. Главный герой, Нацуки Икаруга, несколько лет назад потерял мать и лишился ноги в результате трагического инцидента. В его распоряжении остались старый корабль и батискаф, а также долги, перешедшие к нему от бабушки — профессора морской геологии Нонко Ятигусы. Чтобы погасить задолженность, Нацуки решает найти затонувшее здание, где прежде работала его бабушка. По слухам,