События разворачиваются после завершения первого сезона. Главные герои, включая Чиби Годзиллу и его друзей, продолжают существовать в мире, где гигантские монстры стали частью повседневной жизни. В центре сюжета оказывается новый персонаж — Чиби Мехагодзилла, который появляется в городе. Его создание связано с попытками людей контролировать и изучать поведение кайдзю. Чиби Мехагодзилла отличается от других монстров своим механическим телом и способностью подключаться к цифровым системам.