Команда ниндзя, состоящая из Наруто, Шикамару и Сакуры, получает задание поймать потерявшееся домашнее животное и доставить его в указанную деревню. В ходе выполнения миссии на группу нападают неизвестные ниндзя, которыми руководит таинственный Тэмуджин. В результате боя Наруто отделяется от товарищей и вынужден самостоятельно искать их. Во время поисков он сталкивается с информацией о странной силе, которая не связана с чакрой, и узнает о существовании могущественной исчезнувшей цивилизации.