Спустя несколько столетий после двадцатого века природная среда и экосистема Земли были разрушены в результате применения ядерного и биологического оружия. Большая часть планеты оказалась загрязнена и пришла в упадок, значительная часть растений и животных вымерла. Мир приблизился к «Большой шестерке» — шестому массовому вымиранию. Человечество построило города в небе, переместив туда вымирающие виды флоры и фауны. За долгое время изоляции животные в этих городах эволюционировали. Благодаря

Школьница Такада переезжает в сельскую местность из-за работы отца. В новой школе одноклассники принимают её за Матасабуро — местное божество, которое, согласно поверьям, появляется в начале сезона тайфунов. Это происходит несмотря на то, что Такада является девочкой. Жизнь в деревне вызывает у неё неприязнь, и она хочет вернуться в город. Ситуация меняется после случайной встречи Такады с богом ветра. Встреча происходит в начале сезона тайфунов, что совпадает с местными поверьями о появлении

Третьеклассница Химэно переезжает в большой особняк в провинции. Она выясняет, что в этом доме живут ниндзя. Ниндзя Акамаки (красный), Аомаки (синий) и Кииромаки (жёлтый) принимают Химэно за принцессу. Они помогают ей решать проблемы, используя свои способности. При объединении Аомаки и Кииромаки образуется Мидоримаки (зелёный). Объединение Акамаки и Аомаки даёт Мурасакимаки (фиолетовый), а Акамаки и Кииромаки образуют Дайдаймаки (оранжевый). Персонажи узнают, что к особняку приближается