Главный герой Сатоши вместе с друзьями прибывает в город Ларусс. Там они знакомятся с мальчиком по имени Тоои, который четыре года назад пережил психологическую травму и теперь испытывает страх перед покемонами. Параллельно с этим покемон Деоксис, полностью восстановившийся после предыдущего боя, начинает атаковать регион Хоэнн. Деоксис устанавливает силовой барьер вокруг города и похищает людей, оказавшихся внутри. В ответ на действия Деоксиса из озонового слоя Земли появляется покемон