Правительство ввело более строгие ограничения на несанкционированные мероприятия, однако концерты и музыкальные битвы продолжают проводиться. Объявлено о проведении всеобщих выборов среди участниц группы AKB0048. Параллельно с этим сюжетная линия включает раскрытие информации, связанной с командой 00. Внимание уделяется природе кирар — музыкальных частиц света, которыми обладают участницы. Также затрагиваются события, относящиеся к прошлому персонажей. События развиваются вокруг Нагисы и других

Хонока Косака вместе с подругами Уми Соноды и Котори Минами учится в старшей школе «Отонокизака». Учебное заведение имеет долгую историю — в нём учились несколько поколений их семей. Директор объявляет о планах закрыть школу. Причина заключается в снижении числа поступающих учеников на протяжении нескольких лет. Хонока узнаёт о явлении школьных идолов — групп, выступающих с музыкальными номерами. Она предлагает создать подобную группу для привлечения внимания к школе. Девушки намерены добиться

Пять лет назад в деревне Оцука произошла вспышка неизвестной болезни, от которой погибли все жители. Опасаясь распространения инфекции, население соседних деревень приняло решение сжечь Оцуку вместе с заболевшими. Троим детям удалось выжить - девочке Хамаджи и двум мальчикам, Шино и Соскэ. Они укрылись в старой церкви, расположенной на границе с лесом, где обитают опасные существа. Выжившие дети стали объектами ненависти со стороны жителей окрестных деревень. Помимо враждебности местного