Действие происходит в альтернативной версии Японии XXI века, где власть Токугавского сёгуната не была свергнута в 1868 году. Страна сохраняет изоляцию от внешнего мира, а институт самураев продолжает существовать. Академия Буо, расположенная у подножия горы Фудзи, является учебным заведением, где готовят будущих самураев. В академии сочетаются традиционные японские боевые искусства и современные технологии. Управление академией осуществляет Школьный совет, который контролирует студентов. Совет

События разворачиваются сразу после завершения первого сезона. Эпоха Эдо, длившаяся 260 лет, заканчивается, и начинается период Мэйдзи. Оставшиеся в живых члены Синсэнгуми сталкиваются с превосходящими силами противника, использующего огнестрельное оружие. Войны вынуждены отступать и направляются к клану Айдзу, чтобы оказать ему поддержку и защиту. Параллельно с военными действиями сохраняется нерешенная проблема, связанная с Расэцу. Основной сюжет сосредоточен на перемещении группы воинов

Дополнительные серии являются прямым продолжением оригинального сериала и выпускались в комплекте с 30, 31 и 32 томами манги. Первый эпизод посвящен бою между Икки и Ринго. Второй эпизод описывает столкновение команд «Спящий лес» и «Когарасумару», которое происходит внутри искусственной структуры, называемой Неорганической Сетью. Сюжет этих эпизодов развивает события, начатые в основной истории, и фокусируется на ключевых противостояниях между персонажами. В первом эпизоде раскрываются детали

Хотори Арасияма работает в мэйд-кафе, расположенном в небольшом торговом районе. Заведение испытывает нехватку посетителей. Единственный постоянный клиент - Хироюки Санада, одноклассник Арасиямы, который посещает кафе из-за тайной влюбленности в девушку. Сама Хотори увлекается детективными загадками и склонна часто попадать в неприятные ситуации. Арасияма приглашает в кафе свою подругу Тосико Тацуно. Та, оценив состояние дел в заведении и заметив Санаду, в которого также тайно влюблена,