Атри: Мои дорогие моменты

События происходят в недалёком будущем, когда большая часть суши оказалась под водой из-за повышения уровня мирового океана. Главный герой, Нацуки Икаруга, несколько лет назад потерял мать и лишился ноги в результате трагического инцидента. В его распоряжении остались старый корабль и батискаф, а также долги, перешедшие к нему от бабушки — профессора морской геологии Нонко Ятигусы. Чтобы погасить задолженность, Нацуки решает найти затонувшее здание, где прежде работала его бабушка. По слухам, она хранила там драгоценности.

Вместо богатств герой обнаруживает в здании капсулу, внутри которой находится спящий робот-гуманоид по имени Атри. После пробуждения робот обещает помогать Нацуки, по крайней мере до тех пор, пока не вспомнит последнее поручение, полученное от своей предыдущей хозяйки. Дальнейшее развитие сюжета связано с совместными действиями персонажей и поиском ответов о прошлом Атри.