Прощай, Галактический экспресс 999: Терминал Андромеды

На множестве планет галактики население восстало против Механизированной империи. Тэцуро Хосино несколько лет участвует в затяжной войне на Земле. Люди терпят поражение, и Тэцуро находится в подавленном состоянии. В этот момент он замечает прибытие Галактического экспресса 999. Позже ему попадает сообщение от Мэйтел с просьбой вернуться на этот поезд.

Тэцуро с боем пробивается к станции и садится на экспресс. Он отправляется в путешествие, которое содержит неизвестные ему ранее события и обстоятельства. Дальнейшее развитие сюжета связано с перемещением героя на поезде и его взаимодействием с окружающим миром.