Югио! Тёмная сторона измерений

События аниме разворачиваются через полгода после завершения битвы с Фараоном. Юги Муто и его друзья перешли в третий класс старшей школы и начали задумываться о выборе будущей профессии. Сэто Кайба продолжает попытки вернуть душу Фараона, для чего заново собирает «Головоломку тысячелетия». Однако его планам мешает загадочный человек по имени Аигами. Параллельно Кайба работает над созданием новой системы виртуальных дуэлей, которая способна изменить индустрию «Дуэльных монстров».

Основная сюжетная линия строится вокруг противостояния Кайбы и Аигами, который препятствует восстановлению головоломки. Персонажи сталкиваются с техническими и магическими препятствиями, связанными с древними артефактами. Развитие сюжета включает исследование возможностей новой виртуальной системы дуэлей и её влияния на мир игры. Интрига заключается в том, удастся ли Кайбе завершить сбор головоломки и вернуть Фараона, а также в раскрытии истинных мотивов Аигами.